La cantera o el fútbol base del Club Santos Laguna tuvo sus inicios a principios de los años 1990. El club fundó el equipo filial Santos Laguna A a petición de la FMF, con el fin de reforzar sus fuerzas básicas y la de los otros clubes de la Primera División. En la época reciente las fuerzas básicas del club han tenido un crecimiento y protagonismo en los nuevos formatos que creó la Federación Mexicana de Fútbol en 2006. Las divisiones inferiores abarcan las categorías Sub-15, Sub-17 y Sub-20.
Con el objetivo de hacer crecer el nivel futbolístico del club y reforzar el plantel del primer equipo en un futuro, el 11 de enero de 2010 se inauguró la Escuela de Fútbol Santos Lala que se encuentra ubicada en las instalaciones del Territorio Santos Modelo por parte de Luis Miguel Pérez Amarante y Braulio Rodríguez Pérez, con el propósito de transmitir valores, sembrar la competitividad y el respeto hacia los rivales y cosechar el esfuerzo para el crecimiento futbolístico del club.
La institución cuenta con más de veinte escuelas, centros de formación y academias de fútbol a lo largo del país, entre las que destacan: Academia Santos Acapulco, Academia Santos Chiapas, Academia Santos Ciudad de México, Academia Santos Durango, Academia Santos Juárez, Academia Monclova, Academia Monterrey, Escuela de Futbol Santos Lala, Centro de Formación Santos Laguna, entre otras.
Santos Laguna A[]
Fue un club de fútbol fundado en 2006 que militaba en la Liga de Ascenso de México. Actualmente no existe debido al nuevo formato de la liga mexicana.
Santos Casino[]
Es un club de fútbol de la ciudad de Córdoba, Veracruz. Fue fundando en 2008 como Club Santos Casino y participa en la Tercera División de México. El equipo surgió cuando el Casino Español de Córdoba, estableció un convenio con el Grupo Modelo para que la franquicia fuera filial del Club Santos Laguna.218 En 2013, después de cinco años, Santos Laguna y Casino Español decidierón no renovar más su convenio de colaboración. De esta forma, el equipo cambió de nombre a "Club Santos Córdoba"
Santos Los Mochis[]
Fue un club de fútbol que jugaba en la Segunda División de México. Fue fundado el 26 de junio de 2012,220 Tenía como sede la ciudad de Los Mochis, Sinaloa. Para iniciar las gestiones del club mochiteco, Santos Laguna envió diez futbolistas originarios de sus fuerzas básicas.221 La mejor presentación concluyó en la temporada 2013/14 al finalizar como semifinalistas. El equipo desapareció bajo cuestiones legales el 15 de mayo de 2014.
Santos Premier[]
Es un equipo de futbol que participa, sin derecho a ascenso, en la Liga Premier de Ascenso de México. En mayo de 2015 se anunció que los 18 equipos de Primera División tendrían un equipo filial en la Liga Premier de la Segunda División, para que los jugadores que superen los 20 años de edad y ya no puedan participar en la categoría Sub-20 se mantengan activos.
Escuela de Alto Rendimiento[]
Es un centro de alto rendimiento, que actualmente juega en Tercera División.
Santos CDMX[]
Academia del club que se estableció en el año 2017 en la Ciudad de México, en 2020 ingresan a la Liga TDP con el registro de Novillos Neza.